Universe at War incepe prin invadarea Pamantului, in anul 2012, de catre o rasa extraterestra denumita Hierarchy. Cu toate ca observasera de mult pericolul, oamenii nu au puterea si tehnologia militara sa respinga invazia extraterestra. Principalii inamici ai rasei Hierarchy se cheama Novus si ajung pe Pamant in mijlocul razboiului de exterminare a rasei umane. A treia rasa extraterestra se cheama Masari, si beneficiaza de puteri mitice, avand capacitatea sa creeze ingeri si dragoni pentru a face fata razboiului de pe Pamant. .Fiecare rasa�are unitati de elita, care se vor numi Hero Units, si care vor avea puteri sporite fata de celelalte unitati. .Rasa umana nu va putea fi jucata in Universe at War: Earth Assault, fiind foarte aproape de disparitie. Pe parcursul jocului insa vor exista puncte de rezistenta si vor putea fi observate chiar si unitati de elita ale oamenilor. .
